La riqueza de especies del archipiélago es impresionante. Sus arrecifes coralinos tienen un valor biológico, ecológico, fisiográfico y escénico incomparable; la fauna marina y otras formas de vida oceánica que ellos albergan constituyen el recurso natural más rico e importante, infinitamente más que los recursos del suelo.
Cientos de peces se encuentran en las praderas de fanerógamas el laberinto perfecto, pleno de nutrientes, para desovar, vivir su etapa juvenil y esconderse de sus enemigos. También sirven de refugio a estrellas y pepinos de mar, gusanos y moluscos como el muy perseguido botuto, uno de los mayores caracoles del Caribe, de concha rosada y carne muy apreciada. El botuto se ha comercializado en gran escala como plato típico de algunas islas del Caribe. Además, se le ha atribuido popularmente facultades afrodisíacas y su concha ha sido ampliamente usada en ceremonias religiosas, como utensilio casero y prenda de recuerdo. En los Roques, las poblaciones de botuto se vieron francamente disminuidas, de ahí que su captura ha sido temporalmente prohibida.