La riqueza de especies del archipiélago es impresionante. Sus arrecifes coralinos tienen un valor biológico, ecológico, fisiográfico y escénico incomparable; la fauna marina y otras formas de vida oceánica que ellos albergan constituyen el recurso natural más rico e importante, infinitamente más que los recursos del suelo.
Los arrecifes coralinos, son ambientes excepcionalmente variados en hábitat donde se generan pequeños espacios de rompientes y aguas tranquilas y zonas de luces y sombras plenas de nutrientes. Algunas especies de peces, como los navajones o peces cirujanos, las cachamas, isabelitas o peces ángel y mariposa, tienen adaptaciones especiales a la vida del arrecife; los llamativos peces lábridos limpian otros peces; los peces loro raspan con sus mandíbulas los pólipos de la superficie calcárea de los corales. De gran valor comercial son los pargos, rabirrubias, carites y meros; y mayor valor aún tiene la langosta espinosa, puesto que más del 90% de la producción nacional proviene de Los Roques.
Otro ecosistema submarino está constituido por las praderas de fanerógamas marinas: a diferencia de las algas, son plantas con flores que, tal como las hierbas terrestres se producen mediante flores y frutos. Se encuentran en aguas superficiales iluminadas por el sol, en profundidades que van de los 0,5 a los 6 o más metros, dependiendo de la transparencia de las aguas. Forman zonas oscuras en las aguas de poca profundidad detrás de barreras coralinas; o se ubican en las zonas de manglares, donde configuran el substrato ideal para el asentamiento de estas plantas. Las especies más comunes son la hierba de tortuga, el alimento favorito de las tortugas verdes, los peces loros y los cirujanos; y la hierba de manatí, cuyas hojas se asemejan a un espagueti.
Cientos de peces se encuentran en las praderas de fanerógamas el laberinto perfecto, pleno de nutrientes, para desovar, vivir su etapa juvenil y esconderse de sus enemigos. También sirven de refugio a estrellas y pepinos de mar, gusanos y moluscos como el muy perseguido botuto, uno de los mayores caracoles del Caribe, de concha rosada y carne muy apreciada. El botuto se ha comercializado en gran escala como plato típico de algunas islas del Caribe. Además, se le ha atribuido popularmente facultades afrodisíacas y su concha ha sido ampliamente usada en ceremonias religiosas, como utensilio casero y prenda de recuerdo. En los Roques, las poblaciones de botuto se vieron francamente disminuidas, de ahí que su captura ha sido temporalmente prohibida.
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