El archipiélago de Los Roques es considerado un paraíso marino costero debido a su ubicación geográfica privilegiada en el mar Caribe y a la confluencia de tres ecosistemas altamente diversos: arrecifes coralinos, praderas de fanerógamas marinas y las comunidades de manglar.
El Parque Nacional Archipiélago de Los Roques es la formación arrecifal más importante de Venezuela y del sur del Mar Caribe (Ramirez 2001). Unas 58 especies de corales escleractinios y tres de milepóridos han sido reportados en Los Roques, lo cual representa casi la totalidad de las especies existentes en el país (66 escleractinios y tres milepóridos). Además, nueve de las 56 especies de octocorales existentes en Venezuela se encuentran en el parque. Aparentemente la baja diversidad de octocoralinos se debe a la mayor profundidad relativa de los arrecifes de Los Roques, lo cual desfavorece el establecimiento de las especies de esta familia (Ramirez 2001).
Carolina Bastidas, profesora de Biología Marina de la Universidad Simón Bolívar, nos informó que este archipiélago posee uno de los arrecifes coralinos de mejor calidad en cuanto a diversidad de especies, área de cobertura viva y baja incidencia de enfermedades en todo el Caribe. El parque posee una extensa cobertura de corales de la familia Acroporidae, la cual se encuentra bastante afectada en todo el Caribe.
La fauna marina de Los Roques -típica de arrecifes coralinos y fondos de fanerógamas marinas- incluye unas 200 especies de crustáceos, 140 especies de moluscos, 45 especiesde equinodermos y 60 especies de esponjas (65% del país) entre otros grupos taxonómicos. Aproximadamente 280 especies de peces han sido reportadas, pertenecientes a 41 géneros y 31 familias, lo cual representa el 35 % de las especies del país. Los peces tienen gran importancia económica y alimenticia; muchas de las especies son de gran valor comercial, como los pargos y rabirrubias (Lutjanidae), carites (Escombridae) y meros (Serranidae) (Gondelles 1997).
Otras especies de importancia comercial presentes en Los Roques son la langosta (Panulirus argus) y el botuto (Strombus gigas). Las densidades de poblaciones no cultivadas más importantes de todo el Caribe para estas especies están en este parque (Fernández 2002). El botuto es un gigantesco gasterópodo (aproximadamente 20 cm de longitud de concha) que fue incluido en 1994 en la lista de "Especies Comercialmente Amenazadas" de la IUCN y en el Libro Rojo de la Fauna de Venezuela, debido a los alarmantes niveles de sobreexplotación que alcanzaron sus poblaciones naturales (Rodríguez y Rojas-Suárez 1999, AMNH 1996). Esta especie es usada como fuente de alimento y con fines artesanales en las poblaciones humanas del Mar Caribe.
Los Roques es un centro de confluencia de aves migratorias y de establecimiento de colonias de aves marinas y pelágicas. Unas 92 especies de aves se pueden encontrar en Los Roques de las cuales 50 son migratorias, procedentes de América del Norte (Lentino, Luy y Bruni 1994). Entre las aves más vistosas se encuentran los alcatraces (Pelecanus occidentalis), dos especies de bobas (Sula sula y S. leucogaster), los guanaguanares (Larus atricilla), las tirras y gaviotas (Sterna antillarum, S. hirundo, S. anaethetus), la tiñosa (Anous stolidus) y la chocora (Anous minutus) entre otras especies de aves que anidan anualmente en las islas de Los Roques (Bosque, Esclasans y Pizani 2002). También se observan flamencos (Phoenicopterus ruber). Una subespecie de color negro de la reinita común (Coereba flaveola lowii) es endémica de Los Roques y el canario de mangle (Dendroica petechia obscura) y la tortolita grisácea (Columbina passerina tortuguensis) son subespecies endémicas de las islas venezolanas del Caribe y están presentes en Los Roques (Lentino, Luy y Bruni 1994).
Pichones y juveniles de Sula leucogaster en colonia
reproductiva ubicada en la isla Canqui arriba
Cuatro especies de tortugas marinas anidan en Los Roques: la caguama o tortuga cabezona (Caretta caretta), la tortuga verde o blanca (Chelonia mydas), la tortuga laúd o cardón (Dermochelys coriacea) y la tortuga carey (Eretmochelys imbricata) (Guada y Vernet 1992, De los Llanos 2002). Las dos primeras especies se encuentran globalmente amenazadas, estando las dos últimas en situación de amenaza crítica de extinción según los criterios de la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN). El Libro Rojo de la Fauna de Venezuela considera a la caguama en la categoría vulnerable y a las otras tres especies en peligro (Rodríguez y Rojas-Suárez 1999). El parque representa el lugar de anidación más importante de Venezuela paraEretmochelys imbricata (De los Llanos 2002). Otros reptiles incluyen al lagartoGonatodes vitattus roquensis, una subespecie endémica del archipiélago y alCnemidophorus lemmiscatus nigricolor, una lagartija negra muy abundante que fue descrita por primera vez con un ejemplar de Los Roques (SCNLS 1956).Gynmnodactylus antillensis es una especie endémica de las islas caribeñas de Sotavento y ha sido reportada sólo en Bonaire, Curazao, La Orchila, Las Aves y Los Roques.
Los arrecifes coralinos, son ambientes excepcionalmente variados en hábitat donde se generan pequeños espacios de rompientes y aguas tranquilas y zonas de luces y sombras plenas de nutrientes. Algunas especies de peces, como los navajones o peces cirujanos, las cachamas, isabelitas o peces ángel y mariposa, tienen adaptaciones especiales a la vida del arrecife; los llamativos peces lábridos limpian otros peces; los peces loro raspan con sus mandíbulas los pólipos de la superficie calcárea de los corales. De gran valor comercial son los pargos, rabirrubias, carites y meros; y mayor valor aún tiene la langosta espinosa, puesto que más del 90% de la producción nacional proviene de Los Roques.
Otro ecosistema submarino está constituido por las praderas de fanerógamas marinas: a diferencia de las algas, son plantas con flores que, tal como las hierbas terrestres se producen mediante flores y frutos. Se encuentran en aguas superficiales iluminadas por el sol, en profundidades que van de los 0,5 a los 6 o más metros, dependiendo de la transparencia de las aguas. Forman zonas oscuras en las aguas de poca profundidad detrás de barreras coralinas; o se ubican en las zonas de manglares, donde configuran el substrato ideal para el asentamiento de estas plantas. Las especies más comunes son la hierba de tortuga, el alimento favorito de las tortugas verdes, los peces loros y los cirujanos; y la hierba de manatí, cuyas hojas se asemejan a un espagueti.
